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Optimizando la traducción

Sesgo en el uso de codones

Sesgo en el uso de codones incluso se extiende a codones de parada

UAG Y AGA utilizados en genes expresados en un nivel más bajo

UAA favorece a genes mayormente expresados

Elecciones no aleatorias entre codones que terminan en piridina

Correlación de la disponibilidad de ARNt

Genes expresados en E. coli: mayor expresión con codones correspondientes a tRNA principales, pero pocos codones de tRNA menores

Composición del codón que sigue al codón de inicio AUG

Ejemplo: cambio en la tercera posición del cuarto codón de un gén de interferón humano optimizo en un nivel de 30 veces la traducción

Composición del triplete anterior al codón de inicio AUG

Traducción del ARNm de b-galactosidasa

Combinaciones de UUC, UCA O AGG disminuyen el nivel de expresión 20 veces

Ejemplo: Cambio de los nucleótidos G y C para codones de un gen del factor estimulante de granulocitos, aumentando un 17% la expresión

Combinaciones de UAU Y CUU son favorables

Interacción del ribosoma con bases aguas arriba del codón de iniciación del gen

Bacterias: La secuencias Shine - Dalgarno (S-D) con el 16S rRNA afecta la velocidad de traducción

Secuencia de bases que siguen el sitio S-D

4 residuos de A o 4 residuos de T optimizan la traducción

Separación entre la secuecnia S-D y el codón de iniciación

Ocho bases son óptimas, debajo de 4 pb o más de 14 pb reduce la traducción

Complementariedad máxima con la secuencia 5'-UAAGGAGG-3'