Manejo de Base de datos biológicos

DATA MINING

Tecnicas y tecnologias que nos permiten explorar una gran cantidad de bases de datos

Determinar cual es el objetivo

Procesamiento de los datos

Determinacion de un modelo

Analisis de resultados

EPIGENTICA

Rama de la biología que estudia las interacciones causales entre los genes y sus productos

GENES/DNA/FENOTIPO

Se asume frente un medio ambiente, el cual altera la expresión de los genes

MEDIO AMBIENTE

Funcion en cuanto a:
-Lo que somos
-Lo que medimos
-Lo que observamos
-Las cantidades

Proceso
Natural

Aquellos fenomenos que cambian
el reulstado de un gen o cromosoma

Aunque cambIen ese reultado o produccion del complejo de proteinas, no va a cambiar la secuncia del ADN

EPIGENOMA

Conjunto de todas las marcaciones
epigeneticasque estan en el ADN

Mutación del maiz, donde hay una interaccion entre 2 tipos de alelo en cual uno de los alelos causa cambio heridatario en el otro alelo

Esta compuesto por quimicos que modifican o marcan el genoma

Determinan que, donde, y cuando se hace o se expresa un gen.

FUNCIONA

MECANISMOS

Covalente

Elementos quimicos que modifican
los genes

No covalente

Que se damediante modificaciones
del ADN y tambien de las histonas

EDICION GENICA

Desactivar los genes con el objetivo de corregir mutuaciones y cambiar la actividad de genes específicos

Pual Berg logra cortar un fragmento de virus de ADN que infecta bacterias y unirlo a un virus que afecta monos

Estos métodos eran imprecisos y muy costosos

Se desarrollan nucleasas especiales como las talen y dedos de zinc que lograron aumnetar la precision

Genetrech producia insulina utilazando la bacteria Eschericgia Coli, cuyo genoma habia sido modificado para albergar un gen humano

Las técnicas moleculares están asociadas con el dogma central de la biología molecular

Entre éstas técnicas encontramos:

Enzimas de restricción

Se debe tener como base la ingeniería
genética

Enzima degradativa
que reconoce y corta el
ADN al azar en distintos
sitios especificos

Tipo I
Metilación, al reconocer la secuencia corta el DNA al azar en sitios distintos a los de reconocimiento

Tipo II
Solo posee actividad de restricción, no necesita ATP; el corte se efectúa en el sitio de reconocimiento

Tipo III
Actividad de restricción
Se cortan varios nucleótidos lejos del sitio de reconocimiento

Extraídas de bacterias;
actúan como mecanismo de
defensa para degradar
material genético extraño

Cortan los enlaces fosfodiéster
las secuencias a corregir

Plásmidos:
Los plásmidos son moléculas de ADN extracromosómico generalmente circular que se replican de manera autónoma y se transmiten independientemente del ADN cromosómico

Utilizados en las bibliotecas
genómicas

Conjuntos de miles de plásmidos
recombinantes que tienen una secuencia
especifica de DNA

Tienen lecturas las secuencias

El nombre técnico para dichas
secuenciaciones se llaman
"READS"

Para una mejor amplificación hay que aumentar el tamaño de la secuenciación

Finalmente se obtienen una gran cantidad de lecturas en donde se da la secuenciación para los análisis bioinformáticos.

Características deseables de un plásmido;

Una capacidad elevada de
replicación

Tamaño pequeño para incorporar
fragmentos mas grandes en la
secuenciación

Varios sitios de restricción

Clonación de genes

Secuenciación

Electroforesis de Proteínas

PCR

PREDECIR FUTURAS SITUACIONES

BIG DATA

Un gran volumen de información
que proviene de difreentes sucesos

Volumen

Variabilidad

Veracidad

Valor

Velocidad

Bionformática

Todos los sistemas aplicados a la biología

Colecta, almacena, analisa y manipulan

Biología computacional

Busca resolver problemas
problemas biologicos

Modifica histonas y DNA sin modificar la seciancia

CRISPR/CAS9

Técnica de edición genética, capaz de modificar nuestros genes

1987

Bacterias Streptococcus Pyogenes eran capaces de defenderse de los virus por que destruian si material genético

Juan Martines Mojica observo que en el ADN de estas bacterias habian unas zonas concretas

Zonas en las cuales habian secuencias qie se repetian y habian segmentos de ADN virico

2012

Emanuelle Charpenter y Jennifer Duonda

Proponen utilizar esta técnica como edicion genética en varios genes

Permitiendo modificar y editar de forma especifica el codigo genético, llegando a curar enfermedades cuya causa genética es conocida

De igual forma permite aplicaciones en agricultura mejorando las propiedades de los alimentos

Alimentos trasngénicos

Especificidad del ARN del crisper no es total y no genera mucha seguridad