En 2009, recibió el premio "Outstanding Alumni Award" del Earlham College.
en 2016, recibió la Medalla Presidencial de la Libertad por el desarrollo del software de las misiones Apolo.2
En 2017, salió a la venta un set de LEGO "Mujeres de la NASA" con minifiguras de Hamilton,
En 2018, fue investida honoris causa por la Universitat Politècnica de Catalunya.
22 de nov del 2016 recibió la medalla presidencial por la libertad gracias a su trabajo en la NASA
Margaret es una mujer que permitió que el hombre pisara la luna, gracias a su trabajo esto fue posible.
En 1986, recibió el "Premio Augusta Ada Lovelace Award"
En 2003, se le dio el premio "NASA Exceptional Space Act Award" para contribuciones científicas y técnicas.
