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SNP= Single Polymorphisme Nucleotide

Variation stable de la séquence d'ADN portant sur une seule base

Très fréquentes

2 types d'impact: -séquences codantes -séquences non codantes

Polymorphisme de type : un seul nucléotide

Transversion : Remplacement d'une purine par une pyrimidine ou vice versa

Transition : remplacement entre purine (A,T) ou pyrimidines (G,C), c'est 2/3 des SNP

SSR = Simple Sequence Repeats (micro-sat)

INCONVENIENTS & AVANTAGES

Facilement automatisé, permettant le multiplexage

Technique très reproductible

Polymorphisme élevé

-->Mesure et structuration de la diversité

Codominants

-->Distinction des individus hétérozygotes

Utilisation simple et rapide

Très abondants sur le génome

Procédure de découverte complexe

Polymorphisme de type : nombre d'unité de répétition

- mononucléotide : An ou Cn - dinucléotide : (CA)n , (GA)n , (TA)n, (CG)n, (TC)n - trinucléotide : (TAT)n - tétranucléotide (GATA)n

Spécificité de locus

Répartis sur l’ensemble du génome (région inter-génique, promoteur, exon, intron…)

Abondants (1 SSR tous 21kb pour les dicotylédones et 65kb pour les monocotylédones)

Séquences d’ADN répétées en tandem

MARQUEURS Moléculaires

Utilisation

Constructions de génotypes

Exemple : Introgression d’un gène dans une variété élite

Marquage et prédiction

Marquage de caractères d’intérêt Agronomique = Détection QTL

CARTE GENETIQUE

Estimation et mesure de la diversité au sein d’une espèce ou d’un complexe d’espèce

Polymorphisme de séquence d’ADN

Séquence (codante ou non) d'ADN possédant une position physique identifiable et dont l’hérédité peut-être suivie