Logistiikassa ympäristövaikutukset ovat merkittävä tekijä, sillä eri kuljetustavat, kuten lento-, meri- ja maakuljetus, vaikuttavat ympäristöön eri tavoin. Huomio kiinnittyy myös pakkausmateriaalien kierrättämiseen ja oikeanlaisiin varastointitapoihin, erityisesti vaarallisten aineiden osalta.