Optimizando la traducción
Sesgo en el uso de codones
Sesgo en el uso de codones incluso se extiende a codones de parada
UAG Y AGA utilizados en genes expresados en un nivel más bajo
UAA favorece a genes mayormente expresados
Elecciones no aleatorias entre codones que terminan en piridina
Correlación de la disponibilidad de ARNt
Genes expresados en E. coli: mayor expresión con codones correspondientes a tRNA principales, pero pocos codones de tRNA menores
Composición del codón que sigue al codón de inicio AUG
Ejemplo: cambio en la tercera posición del cuarto codón de un gén de interferón humano optimizo en un nivel de 30 veces la traducción
Composición del triplete anterior al codón de inicio AUG
Traducción del ARNm de b-galactosidasa
Combinaciones de UUC, UCA O AGG disminuyen el nivel de expresión 20 veces
Ejemplo: Cambio de los nucleótidos G y C para codones de un gen del factor estimulante de granulocitos, aumentando un 17% la expresión
Combinaciones de UAU Y CUU son favorables
Interacción del ribosoma con bases aguas arriba del codón de iniciación del gen
Bacterias: La secuencias Shine - Dalgarno (S-D) con el 16S rRNA afecta la velocidad de traducción
Secuencia de bases que siguen el sitio S-D
4 residuos de A o 4 residuos de T optimizan la traducción
Separación entre la secuecnia S-D y el codón de iniciación
Ocho bases son óptimas, debajo de 4 pb o más de 14 pb reduce la traducción
Complementariedad máxima con la secuencia 5'-UAAGGAGG-3'
