Digital PCR as a tool to measure HIV persistence
Qué es el PCR digital
El PCR digital es una herramienta diseñada para cuantificar de forma precisa el número absoluto de moléculas objetivo, que en el caso del VIH es el ARN, y así determinar la carga viral y llevar un seguimiento de la progresión de la enfermedad. (Rutsaert, Bosman, Trypsteen, Nijhuis, & Vandekerckhove, 2018).
Como se diferencia el otro PCR principales
PCR DIGITAL
Cuantifica el numero absoluto
La detección se realiza al final
los resultados se analizan utilizando técnicas estadísticas para determinar el número absoluto de moléculas presentes en la muestra, teniendo en cuenta la distribución aleatoria de las moléculas entre las particiones. (Rutsaert, Bosman, Trypsteen, Nijhuis, & Vandekerckhove, 2018).
PCR en tiempo real (qPCR).
Medida relativa
La detección se realiza en tiempo real
los resultados se analizan en función de la cantidad de señal fluorescente acumulada durante la reacción de amplificación, y se comparan con estándares de referencia o curvas de calibración (Rutsaert, Bosman, Trypsteen, Nijhuis, & Vandekerckhove, 2018).
Plataformas PCR digitales
Matrices prefabricadas:
Sistema BioMark™ HD (Fluidigm)
proporciona una amplia gama de conjuntos de circuitos fluidos integrados (IFC) digitales especializados, donde la muestra se dispensa en un pocillo y se distribuye sobre múltiples cámaras de reacción individuales. (Rutsaert, Bosman, Trypsteen, Nijhuis, & Vandekerckhove, 2018).
Chip de silicio
QuantStudio 3D (Life Technologies/Applied Biosystems™)
utiliza un chip de silicio que consta de una única serie de pocillos de reacción individuales en los cuales se dispensa la muestra. (Rutsaert, Bosman, Trypsteen, Nijhuis, & Vandekerckhove, 2018).
Micro placas y rodillo compresor
CONSTELLATION® (Formulatrix)
emplea una microplaca en la que los canales se conectan y se aíslan en cámaras de microfluidos individuales mediante un rodillo compresor de sello. (Rutsaert, Bosman, Trypsteen, Nijhuis, & Vandekerckhove, 2018).
Química de emulsión
QX200™ Droplet Digital™ PCR (ddPCR) y el Sistema de PCR digital RainDrop plus™ (tecnologías RainDance™)
Utiliza la química de emulsión de agua en aceite para crear particiones. Esto implica la formación de gotas microscópicas de muestra dentro de una emulsión de aceite, lo que permite una alta precisión en la cuantificación(Rutsaert, Bosman, Trypsteen, Nijhuis, & Vandekerckhove, 2018).
Aplicabilidad y perspectivas de futuro (Rutsaert, Bosman, Trypsteen, Nijhuis, & Vandekerckhove, 2018).
Aunque existen desafíos y áreas que requieren mejoras en la PCR digital, actualmente es una tecnología indispensable para la detección y cuantificación del VIH.
capacidad para proporcionar una cuantificación precisa del ADN y ARN del VIH en pacientes es fundamental para la investigación y el tratamiento de esta enfermedad.
Se espera que en el futuro, con mejoras continuas, la PCR digital siga siendo una herramienta esencial en la lucha contra el VIH.
Desafíos y beneficios de la PCR digital en gotas basados enfocado en la revisión QX200 según el artículo (Rutsaert, Bosman, Trypsteen, Nijhuis, & Vandekerckhove, 2018).
DESAFIOS
Automatización y precisión del software
Aunque algunos programas ofrecen métodos automáticos para asignar umbrales, estos a menudo son demasiado estrictos, lo que puede resultar en la clasificación incorrecta de gotas.
Determinacion del umbral
umbral adecuado para distinguir entre gotas positivas y negativas puede ser complicada debido a la presencia de gotas con fluorescencia intermedia, conocidas como "rain"
La fluorescencia basal puede variar entre diferentes muestras y afectar la cuantificación
Falsos- positivos
pueden surgir debido a contaminaciones o fusiones de gotas durante el proceso de PCR digital, lo que puede dificultar la identificación precisa de gotas positivas y afectar la fiabilidad de los resultados
BENEFICIOS
Alta sensibilidad y precisión:
La PCR digital de gotas ofrece una alta sensibilidad y precisión en la detección y cuantificación de objetivos específicos debido a la amplificación individual de moléculas en cada gota.
Menor consumo de reactivos y muestras:
La PCR digital de gotas permite dividir la muestra en miles de gotas individuales, lo que reduce el consumo de reactivos y muestras en comparación con otros métodos de PCR.
Cuantificación absoluta directa
produce resultados de cuantificación absoluta directa, lo que elimina la necesidad de una curva estándar en el caso de cuantificaciones de ADN y comparaciones de cuantificaciones de ARN.