DIRECCIÓN GENERAL DE MARINA MERCANTE
1. EJECUTAR, DE MANERA PRIVATIVA, TODOS LOS ACTOS ADMINISTRATIVOS RELATIVOS AL REGISTRO Y MATRICULACIÓN DE BUQUES EN LA MARINA MERCANTE NACIONAL.
2. AUTORIZAR Y ASIGNAR A OTROS FUNCIONARIOS DE LA ADMINISTRACIÓN PÚBLICA PANAMEÑA DESIGNADOS POR LA AUTORIDAD AL EFECTO, LA EJECUCIÓN DE LOS ACTOS RELATIVOS AL REGISTRO PROVISIONAL DE BUQUES E INSCRIPCIÓN PRELIMINAR DE TÍTULOS DE PROPIEDAD Y DEMÁS DERECHOS REALES A OTORGARSE SOBRE LOS BUQUES MATRICULADOS EN LA MARINA MERCANTE NACIONAL.
3. FIJAR EL CONCEPTO CORRESPONDIENTE PARA EL PAGO DE IMPUESTOS, TASAS Y OTROS COBROS QUE DEBAN PAGAR LOS BUQUES MATRICULADOS EN LA MARINA MERCANTE NACIONAL.
4. INGRESAR TODOS LOS RECAUDOS Y REMESAS RELATIVOS A LA MARINA MERCANTE NACIONAL, EFECTUADOS POR LOS FUNCIONARIOS ADSCRITOS A LA AUTORIDAD EN EL EXTERIOR, ASÍ COMO IMPONER SANCIONES A DICHOS FUNCIONARIOS CUANDO INCUMPLAN SUS OBLIGACIONES LEGALES Y DISCIPLINARIAS.
DEPARTAMENTO DE REGISTRO DE BUQUES
Brindar el servicio de abanderamientos, expedición de patentes, expedición de licencias de radio, tanto en las oficinas ubicadas en la República de Panamá, como en los Consulados Privativos de Marina Mercante, en el exterior.
DEPARTAMENTO DE RESOLUCIONES Y CONSULTAS
Aplicación de la normativa legal vigente sobre marina mercante y convenios internacionales adscritos por la República de Panamá.
DEPARTAMENTO DE NAVEGACIÓN Y SEGURIDAD MARÍTIMA
Asegurar que la flota de Marina Mercante del Registro panameño, cumpla con las normas de seguridad y prevención de la contaminación y demás normas establecidas por los Convenios Internacionales y leyes nacionales de la República de Panamá.
DEPARTAMENTO DE INVESTIGACION Y ACCIDENTES MARITIMOS
Investigar y recabar información de los siniestros y accidentes de buques de bandera panameña, o acaecidos dentro de la jurisdicción de aguas panameñas, con el objeto de evitar accidentes similares en un futuro.
DEPARTAMENTO DE CONTROL Y CUMPLIMIENTO
Velar por la promulgación de las leyes y reglamentos, para tomar las medidas necesarias y efectivas, para la plena ejecución de las mismas, a fin de asegurar de que por lo que respecta a la seguridad de vida humana en el mar y la protección del medio marino, los buques sean aptos para el servicio al que están destinados.