La estructura organizativa de la III Región Policial La Libertad se divide en órganos de ejecución y de apoyo. Entre los órganos de ejecución se encuentran diversas divisiones policiales como Pacasmayo, Paiján, Huamachuco, y Virú, así como la División de Investigación Criminal y Apoyo a la Justicia y la División Policial de Orden y Seguridad.