El Ministerio de Vivienda, Ciudad y Territorio está estructurado en diversas unidades que se encargan de funciones específicas para garantizar el buen funcionamiento de la entidad. La Secretaría General incluye la Subdirección de Finanzas y Presupuesto, la cual abarca grupos como Tesorería, Contabilidad, y Presupuesto y Cuentas, además del Grupo de Control Interno Disciplinario.