Bases de datos biológicas
Comparaciones:
Tienen características en común, tales como enlaces a OMIM, homólogos, e información de mapeo. Ambos se muestran los números de acceso RefSeq.
Diferencias
Entrez Gene puede proporcionar una descripción más estable de un gen.
UniGene enumera los ESTs correspondiente a un gen, que permite una para estudiar en detalle.
UniGene tiene información detallada de expresión; se enumeran las bibliotecas de cDNA a partir del cual se han secuenciado EST particulares.
Bases de datos de bioinformática que no contienen datos de secuencias de nucleótidos o proteínas.
Bases de datos de estructuras contienen: información de estructuras de proteínas y macromoléculas.
Bases de datos de literatura contienen: referencias bibliográficas para la investigación biológica (PubMed, SRS).
NCBI
Crea bases de datos públicas, realiza investigaciones en biología computacional, desarrolla herramientas de software para analizar datos genómicos y difunde información biomédica.
VIsualizador de mapas en NCBI; Para cada genoma, cuatro niveles de detalle están disponibles:
(4) la vista de secuencia, se presentan datos de la secuencia, así como la anotación de interés tal como la localización de genes.
(3) la vista del mapa, lo que permite ver las regiones en varios niveles de resolución.
(2) la vista genoma, mostrando ideogramas (representaciones de los cromosomas)
(1) la página principal de un organismo.
Categorías de la página web NCBI
Estructura
Incluyen PDBeast (un sitio dentro de la taxonomía MMDB), Cn3D (un visor de estructura tridimensional), y una herramienta de búsqueda de alineamiento vectorial (VAST), que permite la comparación de las estructuras.
Taxonomía
Navegador taxonomía para las divisiones principales de los organismos vivos (arqueas, bacterias y virus eukaryota).
Libros
Ofrece varias docenas de libros en línea y están vinculada
PubMed
OMIM
OnlineMendelian Inheritance Inman, es un catálogo de genes humanos y trastornos genéticos.
Explosión
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) es una herramienta diseñado para apoyar el análisis de las bases de datos de nucleótidos y proteínas.
Entrez
Integra las bases de datos científicos literatura fi c, ADN y la secuencia de proteína.
GenBank
Códigos para designar las divisiones de archivos de datos:
18. ENV: secuencias de muestreo ambiental.
17. HTC: secuencias de HTC (secuencias de cDNA de alto rendimiento)
1
16. HTG: secuencias HTGS (secuencias genómicas de alto rendimiento)
15. GSS: secuencias GSS (secuencias de estudio del genoma)
14. STS: secuencias de STS (sitios marcados según la secuencia)
13. PAT: secuencias de patentes
12. EST: secuencias EST (etiquetas de secuencia expresadas)
11. UNA: secuencias sin anotar
10. SYN: secuencias sintéticas
9. PHG: secuencias de bacteriófagos.
8. VRL: secuencias virales
7. BCT: secuencias bacterianas
6. PLN: secuencias de plantas, hongos y algas
5. INV: secuencias de invertebrados
4. VRT: otras secuencias de vertebrados
3. MAM: otras secuencias de mamíferos
2. ROD: secuencias de roedores w info
1. PRI: secuencias de primates
Está diseñada para proporcionar y alentar el acceso dentrode la comunidad científica a la información de secuencia de ADN más actualizada y completa.
Cantidad de datos de secuencia:
Contiene alrededor de 100 mil millones de nucleótidos de 100 millones de secuencias (versión 168)
Tipos de datos en GenBank
Bases de datos de ADN de GenBank, derivado de ARN, que contiene datos de globina beta:
Gen entrez
dbEST
UniGene
Expresión génica Ómnibus
Bases de datos de ADN de GenBank que contiene datos de globina beta:
no redundante (nr)
dbGSS
dbHTGS
dbSTS
Bases de datos de proteínas que contiene datos de globina beta:
Proteina Entrez
no redundante (nr)
UniProt
EMBL
Formato de Adhesión de la muestra:
Tres cartas y cinco dígitos, por ejemplo, AAA12345.
Bases de datos moleculares de núcleo
ArrayExpress:
Es uno de los dos principales repositorios de todo el mundo para la expresión génica.
Ensembl:
Es uno de los tres genoma navegadores principales.
MSD:
Es una base de datos de estructura de la proteína.
TrEMBL:
Base de datos de proteínas.
SWISS-PROT:
Base de datos de proteínas
EMBL-Bank:
Es el repositorio de secuencias de ADN y ARN que es complementaria a GenBank y DDBJ.
Importancia
Comprender cómo la genética afecta la salud de los seres humanos, plantas y animales es esencial para los avances en la prevención de enfermedades.
Bases de datos, herramientas y software que permiten alinear, verificar y visualizar los diversos datos producidos en investigaciones financiadas con fondos públicos.
DDBJ
Está certificado oficialmente para:
Recoger las secuencias de nucleótidos de los investigadores y emitir el número de acceso reconocida internacionalmente para proveedores de los mismos.
Bioinformation y DDBJ Center proporcionan servicios de análisis y compartición de datos de investigaciones de ciencias de la vida y avances científicos.
Propósito principal:
Mejorar la calidad de INSD, como dominios públicos.
