El Ejército Nacional de Colombia cuenta con varias entidades que supervisan y controlan sus operaciones para asegurar la transparencia y el cumplimiento de normas establecidas. Entre los organismos de control se encuentran la Contraloría General de la República, que realiza auditorías regulares y visitas de verificación; el Congreso de la República, que solicita información de gestión institucional para ejercer control político; la Fiscalía General de la Nación, encargada de investigaciones y diligencias penales; y la Procuraduría General de la Nación, que lleva a cabo investigaciones disciplinarias y diligencias jurídicas.