OpenCFU
Какие есть приложения на сегодняшний день?
iPhone / iPad
Visual Counter
CFU Scope
Android
Promega Colony Counter
Colony Count BETA
Colonizer
APD Colony Counter App Lite
как их считают?
приложения для мобильных устройств
могут ошибаться в выявлении колоний
используется карманное устройство
которое - к тому же - есть практически у каждого человека в современном мире
компьютерные программы
требуется настольный компьютер или ноутбук (снижение мобильности)
хуже выявляются артефакты
при рН > 9 в среде быстро разрушаются примеси РНК, кроме того, щелочные условия улучшают эффективность разрушения клеточной стенки
может быть неточно
разрушить или удалить
можно полностью автоматизировать
быстро
создают нужные ионную силу и осмотическое давление, модифицируют растворимость ДНК (соли магния, например) или балластных веществ
визуально
разрушить и удалить продукты деградации
не требуется никакого дополнительного оборудования
легко дифференцировать колонии
важно, если надо учитывать только колонии определенного вида
легче выявить артефакты
например, пузырьки воздуха или загрязнения, напоминающие колонии
субъективно
неудобно
долго
Статьи для чтения
Geissmann, 2013
Geissmann Q. OpenCFU, a new free and open-source software to count cell colonies and other circular objects. PLoS One. 2013; 8(2): e54072. doi: 10.1371/journal.pone.0054072
Austerjost e.a., 2017
Austerjost J., Marquard D., Raddatz L., Geier D., Becker T., Scheper T., Lindner P., Beutel S. A smart device application for the automated determination of E. coli colonies on agar plates. Eng. Life Sci. 2017; 17(8): 959–966. doi: 10.1002/elsc.201700056
Лабораторная работа 5/1
оформление результатов
Выполняется внеаудиторно. Загружается дистанционно для оценки преподавателем с использованием выбранного формата интерактивного общения (LMS, облачное файлохранилище, социальные сети, онлайн-сервисы организации совместной работы и т.д.).
5/1 - описательное с количественными результатами
В свободной форме, отражающей:
- цель эксперимента,
- научная гипотеза (формулируется самим студентом);
- протокол выполнения работы,
- результаты подсчета колоний микроорганизмов различными способами;
- сравнительный анализ количества и точности (совпадений) подсчета, принимая в качестве метода сравнения визуальный подсчет;
- общий вывод с указанием, достигнута ли цель эксперимента.
лабораторные протоколы
5/1 - Сравнение мобильных приложений для подсчета колоний
Протокол выполнения опыта
Важно! студенты сами разрабатывают протокол сравнительного анализа.
Анализируемые образцы: чашки Петри с колониями бактерий и грибов из лабораторных работ 4/1 и 4/3.
Обязательные компоненты протокола
- Подсчет колоний визуально.
- Подсчет колоний с помощью компьютерной программы OpenCFU.
- Подсчет колоний с использованием мобильных приложений для ОС Андроид или для iOS - в зависимости от телефона студента.
организация работы
Основная часть (студенты на занятии): работа ведется индивидуально. В качестве образцов для анализа используются чашки Петри, культивированные после лабораторных работ 4/1 и 4/3.
результаты обучения
вопросы для обсуждения
- Какие существуют статистические методы сравнительного анализа точности подсчета дискретных объектов различными методами?
- Какие причины могут приводить к различиям в подсчете колоний различными компьютерными программами?
- Чем может быть обусловлено образование различных по форме колоний при росте одного и того же штамма микроорганизмов?
развиваемые навыки
- разрабатывать новые лабораторные протоколы
- работать с научными мобильными приложениями
- оценивать эффективность использования мобильных приложений в экспериментальной биологии
Подсчет колоний микроорганизмов
позволяет определить количество микроорганизмов в исходном образце
обозначаются как КОЕ - колонии-образующие единицы
Принимается условие, что при сильном разведении образца на чашках Петри одна исходная бактерия образует одну дочернюю колонию
2019, Валерий Зайцев. Это произведение доступно по лицензии Creative Commons Attribution-NonCommercial («Атрибуция — Некоммерческое использование») 4.0 Всемирная
5/1. Получится ли ускорить подсчет колоний микроорганизмов с помощью смартфона?
