by jesus francisco angeles olan 5 years ago
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Establecido en 1998, el objetivo principal de la iniciativa Ciencia y Sociedad en EMBL es promover una mejor comprensión de la creciente relevancia social y cultural de las ciencias de la vida.
Los servicios proporcionados por EMBL incluyen:
Las instalaciones básicas , que proporcionan acceso rentable y eficiente a métodos y tecnologías que son costosos de configurar o mantener, o que requieren un gasto considerable.
la provisión de líneas de luz, instrumentación y tecnología de alto rendimiento para la biología estructural en las oficinas de Hamburgo y Grenoble ;
Bases de datos biomoleculares y herramientas de bioinformática , en particular en EMBL-EBI;
EMBL alberga un programa completo de cursos, conferencias y talleres , muchos de ellos organizados en colaboración con la organización hermana de EMBL, EMBO (European Molecular Biology Organization).
La investigación es realizada por más de 80 grupos independientes que cubren el espectro de la biología molecular.
La investigación en EMBL enfatiza el análisis experimental en múltiples niveles de organización biológica, desde la molécula hasta el organismo, así como la biología computacional, la bioinformática y la biología de sistemas.
e integrar la investigación europea en ciencias de la vida.
participar activamente en la transferencia de tecnología ;
desarrollar nuevos instrumentos y métodos;
ofrecer servicios vitales a los científicos en los estados miembros;
capacitar a científicos, estudiantes y visitantes en todos los niveles;
realizar investigación básica en biología molecular;
EMBL opera desde seis sitios en toda Europa:
Barcelona, España - Biología de tejidos y modelación de enfermedades.
Roma, Italia - epigenética y neurobiología
Hamburgo, Alemania - investigación y servicios para biología estructural
Grenoble, Francia - investigación y servicios para biología estructural
Hinxton, Reino Unido - Instituto Europeo de Bioinformática (EMBL-EBI)
Heidelberg, Alemania - laboratorio principal
El servidor ExPASy es un recurso importante para las herramientas de análisis, software y bases de datos relacionados con la proteómica. proporcionar acceso a la base de datos UniProt, ExPASy sirve como un portal para el Sistema de Recuperación de Secuencias (SRS).
Una salida consiste en un registro SwissProt. Esto proporciona información muy útil y bien organizada, incluidos nombres alternativos y números de acceso; enlaces de literatura; datos funcionales e información sobre localización celular;
(3) El archivo UniProt, UniParc, consiste en un archivo estable y no redundante de secuencias de proteínas de una amplia variedad de fuentes
(2) Los clústeres de referencia UniProt (UniRef) ofrecen clústeres de referencia no redundantes basados en UniProtKB.
(1) UniProt Knowledgebase (UniProtKB) es la base de datos central que se divide en UniProtKB / Swiss-Prot anotado manualmente y UniProtKB / TrEMBL anotado computacionalmente.
PIR mantiene la Base de datos de secuencias de proteínas, otra base de datos de proteínas curada por expertos.
La biblioteca de base de datos de secuencias de nucleótidos EMBL (TrEMBL) traducida proporciona anotaciones automáticas (en lugar de manuales) de proteínas que no se encuentran en Swiss-Prot
Swiss-Prot considerada como la base de datos de proteínas mejor anotada, con descripciones de la estructura y función de las proteínas agregadas por expertos curadores.
El proyecto CCDS es una colaboración entre cuatro grupos (EBI, NCBI, Wellcome Trust Sanger Institute y University of California, Santa Cruz [UCSC]). Actualmente CCDS se ha aplicado a los genomas humanos y de ratón, y por lo tanto su alcance es considerablemente más limitado que el de RefSeq.
Las entradas de Refseq tienen diferentes niveles de estado (pronosticados, provisionales y revisados), pero en cada caso la entrada RefSeq tiene la intención de unificar los registros de secuencia.
Las entradas de RefSeq son curadas por el personal de NCBI y son casi no redundantes. Sin embargo, puede haber dos proteínas codificadas por genes distintos que compartan un 100% de identidad de aminoácidos. A cada uno se le asigna su propio identificador RefSeq único.
NCBI tasigna números de identificación de secuencia únicos que se aplican a las secuencias individuales dentro de un registro.
Los números de IG se asignan consecutivamente a cada secuencia que se procesa. Por ejemplo, la secuencia de ADN de la globina beta humana asociada con el número de acceso NM_000518.4 tiene un identificador de gen GI: 28302128.
Los números de acceso de las moléculas en diferentes bases de datos tienen formatos característicos.Estos formatos varían porque cada base de datos emplea su propio sistema.
Curso de formación y publicación.
DDBJ organiza un curso de capacitación en bioinformática, DDBJing (en japonés), para enseñar cómo enviar datos de secuencias de nucleótidos y cómo utilizar nuestros servicios para analizar datos de ciencias de la vida.
Brindar servicios de búsqueda y análisis de datos biológicos.
Proporcionar herramientas de software para el análisis de datos biológicos.
Proporciona herramientas de software para análisis de datos desarrollados por DDBJ y otros a través de servicios web o en el Supercomputador NIG.
Gestión de bases de datos biológicas: herramientas para depositar y recuperar
Proporciona bases de datos mantenidas por DDBJ y otros a través de servicios web o en la Supercomputadora NIG.
Gestión y funcionamiento del Instituto Nacional de Sistema de Supercomputación Genética.
El Sistema Nacional de Supercomputadores del Instituto de Genética (Supercomputadora NIG) es un sitio de utilización de computadoras a gran escala con el análisis del genoma como su enfoque principal.
EL sistema proporciona servicios de sistema de supercomputación que incluyen computadoras de vanguardia de tipo clúster a gran escala, computadoras de gran capacidad para compartir memoria y dispositivos de disco de alta capacidad y alta velocidad.
Construcción y Operación de INSDC
Proporcionar datos de secuencias de nucleótidos y aminoácidos relacionados con solicitudes de patentes.|
El INSD contiene datos de secuencia de nucleótidos relacionados con solicitudes de patentes recopiladas por las Oficinas de Patentes en Japón, Corea, Europa y Estados Unidos. El Centro DDBJ proporciona datos de secuencias de aminoácidos relacionados con las solicitudes de patentes recopiladas por las oficinas de patentes en Japón y Corea
Columna de patente de DDBJ
Patente, Propiedad Intelectual y Prioridad.
Datos de secuencia incluidos en las solicitudes de patente.
El Centro DDBJ contribuye internacionalmente como miembro de INSDC para recopilar y proporcionar datos de secuencias de nucleótidos con ENA / EBI en Europa y NCBI en los Estados Unidos. El Centro DDBJ está oficialmente certificado para recopilar secuencias de nucleótidos de investigadores y emitir el número de acceso internacionalmente reconocido para los remitentes de datos.
El Centro DDBJ debe desempeñar un papel importante en la investigación en biología de la información y ejecutar la operación DDBJ en el mundo. El propósito principal de las operaciones de DDBJ es mejorar la calidad de INSD, como dominios públicos.
El NCBI fomenta la comunicación científica en el área de las computadoras, según se aplica a la biología molecular y la genética, mediante el patrocinio de reuniones, talleres y series de conferencias.
El NCBI asumió la responsabilidad de la base de datos de secuencias de ADN GenBank en octubre de 1992. El personal del NCBI con capacitación avanzada en biología molecular construye la base de datos a partir de secuencias enviadas por laboratorios individuales.
BLAST es un programa para la búsqueda de similitud de secuencias desarrollado en NCBI y es fundamental para identificar genes y características genéticas.
Entrez es el sistema de búsqueda y recuperación NCBI que proporciona a los usuarios acceso integrado a datos de secuencia, mapeo, taxonomía y estructurales.
NCBI apoya y distribuye una variedad de bases de datos para las comunidades médicas y científicas. Estos incluyen la Herencia Mendeliana en Línea en el Hombre (OMIM), la Base de Datos de Modelado Molecular (MMDB) de estructuras de proteínas 3D, la Colección Única de Secuencias Genéticas Humanas (UniGene), un Mapa Genético del Genoma Humano, el Buscador de Taxonomía y el Genoma de Cáncer. Proyecto de Anatomía (CGAP), en colaboración con el Instituto Nacional del Cáncer.
Responsabilidades
desarrolla y promueve estándares para bases de datos, depósito e intercambio de datos y nomenclatura biológica
desarrolla, distribuye, apoya y coordina el acceso a una variedad de bases de datos y software para las comunidades científica y médica
apoya la capacitación en investigación básica y aplicada en biología computacional para becarios postdoctorales a través del Programa de Investigación Intramural NIH
lleva a cabo investigaciones sobre problemas biomédicos fundamentales a nivel molecular utilizando métodos matemáticos y computacionales
Investigación
Obtiene información sobre biología molecular, la misión del NCBI es desarrollar nuevas tecnologías de la información para ayudar a comprender los procesos moleculares y genéticos fundamentales que controlan la salud y la enfermedad.
Creando NCBI
El fallecido senador Claude Pepper reconoció la importancia de los métodos computarizados de procesamiento de información para la realización de investigaciones biomédicas y patrocinó la legislación que estableció el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) el 4 de noviembre de 1988, como una división de la Biblioteca Nacional de Medicina (NLM). )
Comprender el lenguaje mudo pero elegante de las células vivas es la búsqueda de la biología molecular moderna. De un alfabeto de solo cuatro letras que representan las subunidades químicas del ADN, surge una sintaxis de los procesos de la vida cuya expresión más compleja es el hombre.
Bases de datos de proteínas
Como proteína, la globina beta está presente en bases de datos como la base de datos no redundante (nr) de GenBank (Benson et al., 2009), la base de datos SwissProt (Boeckmann et al., 2003), UniProt (UniProt Consortium 2007) y Protein Data Bank (Kouranov et al., 2006).
Secuencia genómica de alto rendimiento (HTGS)
La división HTGS se creó para que los datos de secuencias genómicas "sin terminar" estén rápidamente disponibles para la comunidad científica. . La división HTGS contiene secuencias de ADN sin terminar generadas por los centros de secuenciación de alto rendimiento.
Sitios etiquetados de secuencia (STS)
El dbSTS es un sitio NCBI que contiene STS, que son secuencias de puntos de referencia genómicas cortas para las cuales se dispone de datos de secuencias de ADN y datos de mapeo
ESTs y UniGene
El objetivo del proyecto UniGene (gen único) es crear agrupaciones orientadas a genes mediante la partición automática de los EST en conjuntos no redundantes.
Etiquetas de secuencia expresada (ESTs)
La base de datos de etiquetas de secuencia expresada (dbEST) es una división de GenBank que contiene datos de secuencia y otra información sobre secuencias de cDNA de "un solo paso" de varios organismos
Proteina Entrez no redundante (nr) UniProt
Gen entrez dbEST UniGene Expresión génica Ómnibus
no redundante (nr) dbGSS dbHTGS dbSTS
TAXONOMÍA REPRESENTADA EN GENBANK
GSS Genome survey sequences
SYN Sintético
ROD Roedores
PRI Primates
PLN Plantas
PHG Bacteriófagos
MAM Otros mamíferos
INV Invertebrados
ENV Muestras ambientales
BCT Bacteriasa
