La estructura organizativa detalla diversas direcciones y subdirecciones con sus respectivos departamentos, cada uno enfocado en áreas específicas. La Subdirección Académica incluye departamentos como Sistemas Computacionales, Ciencias de la Tierra, Ingeniería Industrial, Metal Mecánica, Económico Administrativo, Química y Bioquímica, y Eléctrica y Electrónica, además de la oficina de titulación.